甲房地产公司与某军分区签订了一份合作建房合同及补充合同，约定该军分区提供土地2815平方米，甲公司投入资金1000万元建房。房屋建成后，土地使用权及房屋所有权归军分区，二层以上由甲公司使用50年，且可转让、出租、抵押（须经该军分区同意）。后甲公司与乙公司签订房屋使用权转让合同，将其享有使用权的房产转让给乙公司，使用期限50年。房屋已经交付使用，乙公司支付相应价款。后因双方发生纠纷，乙公司诉至法院请求确认双方所签合同，20年以上的租赁期限无效。甲公司辩称，双方签订的合同为有效合同，双方应当继续履行。甲、乙公司签订的合同是房屋使用权转让合同还是租赁合同，其效力如何认定

    本案中，甲公司与某军分区明确约定：房屋建成后，土地使用权及房屋所有权归军分区，二层以上由甲公司使用50年，且可转让、出租、抵押（须经该军分区同意）。由此可见，所建楼房包括二层以上房屋的所有权归军分区所有，甲公司不享有二层以上房屋的所有权。这就意味着，甲行使二层以上房屋的其他权利不能与所有权中的处分权发生冲突。按照民法理论，财产所有权包括占有、使用、收益和处分等权项，其他权项都可以暂时与所有权发生分离从而形成实践中的财产租赁等法律活动。而一旦发生处分权项的转移，则即构法律上的买卖行为，处分权项是否发生转移是区别买卖与租赁等行为最主要的标志。对于房屋所有权而言，处分权外的其他权项的交易都不能成为买卖合同而更多的应该划入租赁合同的范畴。在本案中，由于甲公司获得的仅仅是房屋的使用权（更严格的讲应当是以提前支付租金为对价的房屋租赁权），因此其只能就房屋使用权(租赁权)进行交易，尽管甲公司在军分区的授权下可以以房屋使用权的转让、出租、抵押等进行，但实质上进行的仅仅是房屋使用权（租赁权）这一特殊债权的让与。

    综上所述，甲在与某军分区合建房屋合同法律关系中，甲对其二层以上的房屋仅享有使用权（租赁权）而没有买卖处分权。因此，甲公司与乙公司签订的房屋使用权转让合同实质上是而且只能是租赁合同。